Landbrugs- og Fiskeristyrelsen har indsamlet oplysninger om akvakultur i Danmark siden 2003. I 2003 var en betydelig del af indberetningerne dog så mangelfuldt udfyldt, at det daværende Fiskeridirektoratet valgte ikke at publicere statistik vedr. år 2003. Akvakulturregisteret går derfor kun tilbage til 2004.
Samtlige akvakulturanlæg skal indberette årligt, der anvendes derfor ingen estimater i statistikken. Manglende eller mangelfulde indberetninger kan dog forekomme, selvom der gøres meget for at indsamle og validere data. Der valideres primært på produktionsoplysninger (mængde, pris og anvendelse), mens anlæggenes strukturoplysninger valideres i lidt mindre grad.
Af diskretionshensyn fremgår værdioplysninger ikke i de statistiske opgørelser, såfremt der i en gruppe er tre virksomheder eller færre.
Nogle anlægsejere ejer flere anlæg, dette kan enten være inden for samme anlægstype eller en anden anlægstype. Før 2009 havde anlægsejerne mulighed for at indberette til- og fraførsel for alle anlæg på ét skema, såfremt det blev angivet, hvor mange anlæg der blev indberettet for. Mængde- og Værdioplysninger blev i de tilfælde, hvor der er angivet flere forskellige anlægstyper fordelt mellem anlægstyperne efter følgende regler:
- Såfremt der var angivet hhv. Ferskvanddambrug og Anden akvakultur, er hele mængden og værdien tilfaldet Ferskvandsdambruget. I alle andre kombinationer af anlægstyper er mængde og værdi delt ligeligt mellem de to anlægstyper.
- Ved udregning af antal anlæg er der i de tilfælde, hvor der er angivet flere anlæg samt flere forskellige anlægstyper, vurderet i de enkelte tilfælde hvilken anlægstype det samlede antal anlæg til tilhører. Vurderingen er sket i forhold til anlæggets samlede produktion.
Fra 2009 og frem har det kun været muligt at indberette samlet for dambrug og havbrug af samme anlægstype – og kun efter forudgående tilladelse fra Landbrugs- og Fiskeristyrelsen. Muslingeanlæg må ikke indberettes samlet iht. reglerne for tilladelse til opdræt af blåmuslinger.