Puljefiskeriet i Danmark drives og administreres af selvstændige, uafhængige puljer, der hver især står for koordinering, kvotefordeling og den daglige drift af puljen. Hver pulje har en udpeget puljebestyrer, som repræsenterer alle deltagerne over for Landbrugs- og Fiskeristyrelsen og sikrer, at reglerne for kvoteudnyttelse og fangstrapportering overholdes.