Det er en betingelse for handel med partier af frø eller sædekorn af visse arter, at de certificeres. For at et frøparti kan blive certificeret, skal det opfylde en række kvalitetsnormer. Disse kvalitetsnormer afhænger af hvilken afgrøde og hvilken certificeringskategori, der er tale om. Virksomheden skal selv anmelde et parti til certificering til TystofteFonden. Der er en række undtagelser fra certificeringskravet, samt mulighed for handel med frøpartier, der ikke er certificerede, som f.eks. standardfrø og bevaringssorter.
Som en del af processen af certificering af frø og sædekorn indgår markkontrol, prøvetagning og laboratorieanalyse. Personer og virksomheder kan autoriseres af Landbrugs- og Fiskeristyrelsen til at udføre markkontrol, prøvetagning og analyse af frø og sædekorn. For at blive autoriseret skal du indsende en ansøgningsblanket til Landbrugs- og Fiskeristyrelsen. Kravene, som skal være opfyldt, for at du kan blive autoriseret, er beskrevet i virksomhedsvejledningen.